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A mitad de temporada del torneo Apertura 2001 el técnico Horacio Cordero abandona el club para irse a dirigir al PAS Giannina de la primera división camiseta de futbol 2024 del fútbol griego. Se incorpora definitivamente al primer equipo, procedente del Barcelona B, Lionel Messi, que se convierte en una de las revelaciones de la temporada. En este torneo Municipal mejoró sus resultados respecto al anterior, finalizando segundo en la clasificación general y accediendo directamente a semifinales; en las semifinales fue eliminado por Comunicaciones, con un resultado de 2-2 en el global, pero prevaleciendo el gol de visitante anotado por Comunicaciones en el juego de vuelta. Municipal consiguió su vigésimo octavo título de liga derrotando en la final a doble partido al equipo Xelajú MC, por un marcador global de siete goles a uno, ganando el primer partido por tres goles a uno y el segundo por un contundente cuatro a cero. Nuevamente en la final del torneo Clausura 2011 se vuelven a enfrentar contra Comunicaciones pero esta vez es derrotado en ambos partidos por marcador de tres goles a cero. Por su parte Thomas Müller alcanzó los 10 goles en tan solo 13 partidos disputados con la selección en Sudáfrica 2010 y Brasil 2014, quedando a 6 goles del máximo artillero Miroslav Klose.
Debido a esto, el técnico Ruiz es destituido y llegaría el uruguayo Manuel Keosseian para el Apertura 2014, quien fracasaría en este torneo y también sería despedido. Cabe mencionar que el club en este torneo se mudó oficialmente al Estadio Manuel Felipe Carrera para disputar sus partidos de liga en un estadio remodelado y acondicionado para 6.000 personas. Luego del peor inicio en torneos cortos del club con Madariaga y Plachot, donde en 9 partidos el club solo lograría un punto, llegaría el chileno Fernando Díaz quien poco a poco logra sacar al club de los últimos puestos. Tras la finalización del torneo y luego de tomar al equipo en la penúltima posición y en pocos meses, terminar primero junto a su clásico rival, el chileno Fernando Díaz deja el cargo y en el torneo Clausura 2014 asume el puesto el uruguayo Aníbal Ruiz, con quien luego de una mala primera fase, el equipo entra en los últimos lugares a la liguilla y logra llegar a una final más, donde termina siendo superado por Comunicaciones. El 18 de diciembre de 2011 se proclamó campeón en el torneo Apertura 2011 llegando así a 29 torneos de liga, ganándole al Comunicaciones por marcador global de 4 a 0. En el Clausura 2012, llega a la final y se enfrenta al Xelajú M.C., Municipal gana el juego de ida en el Estadio Mateo Flores 2 a 1, pero en el partido de vuelta en el Mario Camposeco, cae derrotado 1 a 2, y después de los tiempos extras, es vencido en penales.
Este resultado y la combinación del marcador de 3 a 2 a favor de Saprissa contra Comunicaciones le dieron el título al equipo de Municipal por diferencia de goles. De la mano de este el equipo consigue ganar 5 torneos de liga de forma consecutiva y una Copa Uncaf en 2004, marcando una de las épocas más gloriosas de la institución. En 1991 a esta programadora se le adjudicó el Noticiero TV Hoy en los fines de semana los sábados, domingos y festivos a las 20:30 por la Cadena Uno enfrentando al Noticiero Notivisión que luego pasó a llamarse Noticiero AM-PM de Globo Televisión, pero no le confió ningún espacio adicional tal como les pasó a Prego Televisión, Programar Televisión y Telestudio por las restricciones del gobierno de la época de César Gaviria debido a que una programadora que licitara para un noticiero no estaba obligada a otro espacio adicional.
Letrero del campus con el logotipo anterior de Apple. Su puesto fue ocupado por Rafa Berges, hasta entonces técnico del filial. En 2007 el técnico Enzo Trossero renuncia a su cargo y le sustituye otro argentino, Jorge Benítez. Luego de un año sin conseguir la liga, inicia el Clausura 2013 con la continuidad de Ramón Maradiaga, pero tras disputarse 5 jornadas es cesado de su cargo y en su lugar es nombrado Martin Plachot, quien dirigía las fuerzas básicas del equipo. El 3 de marzo de 2013 el Unión Magdalena jugó su último partido en el estadio contra Llaneros FC, en cumplimiento de la orden de cierre definitivo del Estadio Eduardo Santos. La primera de ellas, en la Copa de España 2015, el Jaén llegaba a Ciudad Real, sede del torneo, sin ningún papel de favorito pero con el cartel de equipo revelación en la Primera División por estar 4.º en la tabla y clasificados para el Play-Off al título de Liga.
